Çöpten Gemi, Sinekten Kaptan, Tâhirü'l-Mevlevî'nin Mevlânâ ve eseri Mesnevî'ye dair bazı yazılarını bir araya getirmektedir. Kitabın adı Mesnevî'de geçen bir hikâye ve bunun üzerine Tâhirü'l-Mevlevî'nin kaleme aldığı yazının başlığından mülhem. İlk yazı Konya Halkevi Kültür Dergisi, Mevlana Özel Sayısı'nda 1943'te yayımlanan bir mektup. Konya Halkevi Kültür Dergisi'nin "Hazret-i Mevlânâ’nın hayatıyla felsefesinin tahlili teklifine" Tâhirü'l-Mevlevî'nin bir yazıyla cevap vermesidir. Dolayısıyla yazı Mevlânâ'nın hayatı ve düşüncelerine dair müellifin değerlendirmeleridir. İkinci yazı kitaba adına veren Çöpten Gemi, Sinekten Kaptan. Bu yazı İslâm Yolu dergisinin 4 Kasım 1948 tarihli nüshasından alınmıştır. Mesnevî’den Öz ana başlığı altında müellifin, İlim • Hikmet • Tevbe • Zikir • Tefekkür • Muhabbet • Aşk • Bekârlık-Evlilik • Namaz • Zekât konularında Mesnevî'den seçtiği pasajlardan meydana gelmekte. Bu bölüm İslâmın Nûru dergisinde 1951-1953 tarihleri arasında yayımlanmıştır.