25 Şubat 1869?da Manastır'ın Serfice kasabasında doğdu. Babası Mehmed Necip Efendi, Annesi Refika Hanımdır. Ataları aslen Konyalı olup, Osmanlı Devleti?nin genişleme dönemlerinde Konya?dan Rumeli?ye yerleştirilen ailelerdendir. İlk öğrenimine Serfice Sıbyan Mektebi'nde başladı. 8 yaşlarında iken ailesiyle birlikte önce Selanik'e, ardından İstanbul'a geldi. İstanbul?da Çiçekpazarı Rüşdiyesi?ne devam etti. Babasının ticaret için San?a/Yemen'e gitmesiyle birlikte San?a Askeri Rüştiyesi?nde eğitimine devam etti. İki yıl sonra İstanbula dönüp, burada Gülhane Askeri Rüşdiyesi?ni bitirdi. Yüksek öğrenimini de 1888 Mekteb-i, Mülkiye?de tamamladı. Mülkiye?den mezun olduğu yıl Hariciye Nezareti Şehbenderlik Kalemi?nde memuriyete başladı. Sekiz yıl boyunca sırasıyla, İstanbul Hukuk Mektebi?nde muallim yardımcılığı, Edirne İdadisi öğretmenliği, Dedeağaç İdadisi ve Halep Sultanisi müdürlüğü, Diyarbakır Maarif müdürlüğü ve Maarif Nezareti İstatistik Kalemi başkâtipliği görevlerinde bulundu. 1896-1913 yılları arasında da sırasıyla Kosova ve Kastamonu mektupçuluğu, Sinop Sancağı Mutasarrıf Vekilliği yaptı. Kastamonu'da görev yaparken Kastamonu Vilayet Matbaası'nı kurdu. Taiz/Yemen, Ammere/ Basra, Karesi/Balıkesir ve Lazkiye/Suriye Mutasarraflığı; Yanya ve Trabzon Valiliği yaptı. Bu son görevinden Talat Paşa'nın emriyle 1913?te emekli'ye sevk edildi. Kısa bir süre sonra İstanbul Dârülfünunu?nda Felsefe Müderrisliği'ne getirildi. 1915?te Edebiyat Fakültesi Müderrisler Meclisi Reisi, 1923?te de Şeriye ve Evkaf Vekaleti bünyesinde kurulan Telifat ve Tetkikatı İslamiyye Üyesi oldu. Edebiyat Fakültesi reisliği görevindeyken Edebiyat Fakültesi Mecmuası'nın yayınını gerçekleştirdi. Müderris Ahmed Naim Bey?le birlikte fesefî kavramların Türkçe karşılıklarını tesbit çalışması yaptı. Üniversitede felsefe ve felsefe tarihi dersleri ile birlikte Çamlıca Kız Lisesi?nde edebiyat, Medresetü?l-İrşâd ve İlâhiyat Fakültesi?nde tasavvuf tarihi, Harp Okulu?nda ahlâk felsefesi, Harp Akademisi?nde siyasî tarih, İslam İlimleri Tetkik Enstitüsü?nde ordinaryüs profesör olarak dinler tarihi okuttu. 1935?de ikinci kez emekliliğe ayrıldıktan sonra 1937?de İstanbul Kütüphaneleri Tasnif Komisyonu Başkanlığı görevini üstlendi. 30 Kasım 1945?te vefat etti. Genç yaştan başlayarak başarılı bir şekilde gerçekleştirdiği görevleri yanında, Arapça, Farsça ve Fransızcaya hâkim bir aydın olarak gerek tercüme, gerek telif eserleriyle, çıkardığı ve çıkmasına öncülük ettiği dergilerle, eğitim alanında ülkenin en uzak köşelerine kadar açılmasına önayak olduğu okullarla çok yönlü bir aydındır. Örneğin Halep, Yemen, Kosova, Diyarbakır gibi görev yaptığı yerlerdeki halkın sosyal, ekonomik ve kültürel yapılarını da incelemiş, aşiretler arasında dolaşmıştır. Aynî, çalışmalarıyla Batı dünyasında da tanınan bir aydındır. 1927?de İngiliz Felsefe Araştırmaları Enstitüsü, 1931?de Milletlerarası Felsefe Kongreleri Düzenleme Komitesi ve 1935?te L. Massignon?un da dahil olduğu bazı tanınmış müsteşriklerin teklifleri üzerine Paris Asya Cemiyeti asli üyeliklerine seçilmiştir. Eserleri: Nazarî ve Amelî İstatistik, İnkıdat ve Mülahazalar, Örfiyatı Siyasiye ve Ahlâkıye, Malûmât-ı Nâfia-i Fenniye, Darü?l-Fünun Tarihi, Rûhiyat Dersleri, Ahlâk Dersleri, Küçük Umumi Tarih, Tarihi Edebi Âlem, Ziraat Dersleri, Abdülkâdir Geylânî, Hacı Bayramı Velî, Ruh?ul Beyan Müelllifi Bursalı İsmail Hakkı Hakkında Bir Tedkik, Muallim-i Sânî Fârâbî, Huccetü'l-İslâm Gazali, Türk Mantıkçıları, Türk Ahlâkçıları, İlim ve Felsefe, Tasavvuf Dersleri, Tasavvuf Tarihi, Tarih-i Felsefe, La Quintessence de la Philosophie d?İbn Arabi, La Philosophie en Turquie, Reybilik, Bedbinlik, Lâilâhîlik nedir? Hayat Nedir?, Hergün Bunu Oku, Şeyh-i Ekber?i Niçin Severim, Hükm-i Cumhur, Demokrasi Nedir, Milliyetçilik, Un grand saint de l'Islam: Abd al-Kadir Guilani, La Quintessence de la philosophie de Ibn Arabi, La Philosophie en Turquie.